full2012.pdf - page 230

¦¼žš¸É 3 กราฟแสดงค่า Root Mean Square Displacement (RMSD) ของทั้งสี่ ระบบ คือ HPH5sq1, FR-HPH5sq2, FR-
HPH5sq3 และ FR-HPH5sq4 โดยพล็อตตั้ งแต่ 0-3 ns
¦³¥³šµŠš¸É ε‡´ š¸ÉšÎµÄ®oÁ„·—„¨Å„„µ¦˜´—¡´œ›³¦³®ªn µŠÁ°œÅŽ¤r¨³Ž´ Á˜¦š
เพื่อดูความเป็ นได้ถึงกลไกการทํางานของเอนไซม์ฟูริ นต่อการตัดโมเลกุลฮี แมกกลูตินิน จึงได้คํานวณระยะทางที่
สําคัญที่ทําให้ เกิดกลไกการตัดพันธะระหว่างกรดอะมิโนที่ cleavage site ของฮีแมกกลูตินิน (S1-R) กับเอนไซม์ฟูริ น (D153
H194 S368 และ N295) (Henrich S., et al., 2003) โดยตั้ งสมมุติฐานว่าระยะทางที่สําคัญดังกล่าวอยู่ในช่วงไม่เกิน 3.0
อังสตรอมเป็ นระยะทางที่เหมาะสมที่ทําให้กลไกการตัดพันธะเกิดขึ้ น จากการศึกษาของ Bergeron และคณะ (Bergeron et al.
ม 2000) รายงานว่ากลไกการตัดพันธะแบ่งเป็ น 3 ส่วน ได้แก่ส่วนที่ หนึ่ งคือ catalytic triad เกิดจากกลูตามิคของเอนไซม์ฟูริ น
(D153) เกิดพันธะไฮโดรเจน 2 พันธะกับ ฮิสทีดี น (H194) เพื่อยึดให้ฮิสทีดี นไปดึงโปรตอนจาก เซอรี น (S368) ส่วนที่ สองคือ
nucleophilic attack ออกซิเจน (hydroxyl oxygen) ของเซอรี น (S368) ของเอนไซม์ฟู รินที ถูกดึงโปรตอนไปโดยฮิสที ดีนจะ
ไป attack กับ คาร์ บอน (carbonyl carbon) ของอาร์จินีนของ cleavage siteของฮี แมกกลูติ นินที่ตําแหน่ง S1-R และส่ วน
สุดท้ายคือ oxyanion hole ออกซิ เจนของอาร์จีนีนของ cleavage site ของฮี แมกกลูตินิ นที่ตําแหน่ง S1-R เกิดพันธะไฮโดรเจน
2 พันธะกับ เซอรี น (S368) และ แอสพาราจีน (N295) ของเอนไซม์ฟูริ นเพื่อยึดให้เกิด nucleophilic attack ได้ง่ายขึ้น
ผลการคํานวณแสดงดังรู ปที่ 4b ในส่วนของ catalytic triad ซึ่ งประกอบด้วยกรดอะมิโน D153 H194 และ S368
นิยามระยะทางเป็ น d 1 - d3 ระยะทางของทั้ งสี่ระบบไม่แตกต่างกันมากโดยรวมอยู ่ ในช่วงไม่ เกิน 3.0 อังสตรอม สําหรับ
nucleophilic attack ซึ่ งเป็ นระยะทางระหว่าง O3-hydroxyl oxygen ของ S368 กับ carbonyl carbon ของฮีแมกกลูตินิ นที่
ตําแหน่ ง S1-R ซึ่ งนิยามเป็ น d4 ผลการคํานวณพบว่าการกระจายของระยะทาง d 4 ของระบบ FR-HPH5sq4 พีคค่อนข้าง
broad แสดงว่าที่ตําแหน่ ง d 4 ของระบบนี้ อาจทําให้ เกิดโอกาสในการ attack เพื่ อสร้างพันธะ (bond making) น้อยกว่าระบบ
อื่นๆ ผลการคํานวณระยะทางของ oxyanion hole ของระบบ FR-HPH5sq4 พบว่า d 5 (S1-R กับnitrogen ของ S368) และ d6
(S1-R กับnitrogen ของ N295) มีระยะทางสองช่ วง คือช่วงแรกประมาณ 3.0 อังสตรอม และช่วงที่สองประมาณ 5.0
อังสตรอม แสดงว่าพันธะไฮโดรเจน ที่ oxyanion hole ของระบบนี้แข็งแรงไม่มากซึ่ งจะส่งผลต่อการเกิด nucleophilic attack
คือจะเกิดได้ค่ อนยากกว่าเมื่อเปรียบเทียบกับอี ก 3 ระบบ ยืนยันได้จากระยะทางที่ ตําแหน่ ง d4 ที่แกว่งกว่าระบบอื่น ทั้ งนี้ น่าจะ
เกิดจากระบบ FR-HPH5sq4 มี กรดอะมิโนไลซีน (K) หายไปหนึ่ งตําแหน่งที่ S3 (S3-K) ทําให้การการยึดจับระหว่างเอ็นไซม์
ฟูริ น-ฮีแมกกลูตินิ นน้อยกว่าระบบอื่ น
230
การประชุมวิชาการระดับชาติ มหาวิ ทยาลัยทักษิณ ครั้งที่ 22 ประจำปี 2555