full2012.pdf - page 231

¦¼žš¸É 4 นิ ยามอะตอมและระยะทาง (รู ป a) ที่สําคัญที่ทําให้เกิดกลไกการตัดพันธะระหว่างโมเลกุลที่ cleavage site
ของฮีแมกกลูตินิ นกับเอนไซม์ฟูริ น d 1-d 6 ผลการคํานวณการกระจายของระยะทาง (รู ป b) ของทั้ งสี่ระบบ (Kongsune et al.,
2011)
‹Îµœªœ¡´œ›³Å±Ã—¦Á‹œ¦³®ªnµŠÁ°œÅŽ¤r ¨³Ž´Á˜¦š
เพื่อดูอันตรกิริ ยาระหว่างเอนไซม์และซับสเตรทในบริ เวณ binding pocket จึงทําการคํานวณคํานวณ % Hydrogen
bond occupation ระหว่างกรดอะมิ โนของเอนไซม์ฟู รินกับ cleavage loop ของฮีแมกกลูตินิ น จากการคํานวณพบว่าพันธะ
ไฮโดรเจนที่มี % occupation มากกว่า 50% ของระบบ FR-HPH5sq1 FR-HPH5sq2 FR-HPH5sq3 และ FR-HPH5sq4 เท่ากับ
32 พันธะ 28 พันธะ 27 พันธะ และ 22 พันธะ ตามลําดับดังตารางที่ 2 แสดงให้เห็นว่าการยึดจับระหว่างเอ็นไซม์ฟู รินกับ
ฮีแมกกลูตินิ นของระบบ FR-HPH5sq1 FR-HPH5sq2 และ FR-HPH5sq3 ไม่แตกต่ างกันมาก ทั้ งนี้เนื่ องจากในระบบ FR-
HPH5sq2 และ FR-HPH5sq3 เมื่อเปรี ยบเทียบกับ FR-HPH5sq1 กรดอะมิโนเปลี่ยนจากอาร์ จีนีน S5-R และ S6-R กลายเป็ น
ไลซีน S5-K และ S6-K ซึ่งเป็ นกรดอะมิโนที่มีประจุบวกทั้ งคู่เพียงแต่ side chain ของ ไลซีนสั้ นกว่าของอาร์ จีนีนทําให้ เกิด
พันธะไฮโดรเจนกับกรดอะมิโนของเอนไซม์ฟู รินน้อยกว่าเล็กน้อย ในขณะที่ ระบบ FR-HPH5sq4 ไลซี นหายไปที่ ตําแหน่ งที่
3 (S3-K) ส่งผลให้จํานวนพันธะไฮโดรเจนกับกรดอะมิโนของเอนไซม์ฟู รินลดลงไปค่อนข้างมาก ทั้งนี้ เพราะใน binding
pocket ของเอนไซม์ฟู รินจะมีกรดอะมิโนที่เป็ นประลบอยู่หลายตัว จึงเกิดอันตรกิริยาได้ดีกับซับสเตรทที่เป็ นประจุบวก
(Decha et al., 2008)
˜µ¦µŠš¸É2 จํานวนพันธะไฮโดรเจน ระหว่างกรดอะมิ โนของเอนไซม์ฟูริ นกับสิบกรดอะมิโนที่บริ เวณ cleavage loop
ของโปรตีนฮีแมกกลูตินิ นที่มี % occupation มากกว่า 50% (Kongsune et al., 2011)
FR
HA
‹Îµœªœ¡´œ›³Å±Ã—¦Á‹œ
FR-HPH5Sq1 FR-HPH5Sq2 FR-HPH 5Sq3 FR-HPH5Sq4
S8 4 - - -
S7 - - - -
S6 6 7 1 -
S5 2 - 4 -
S4 8 7 7 5
S3 2 - 3 2
S2 - - - -
S1 10 12 11 13
S1’ - - 1 1
S2’ - 2 - 1
Total 32 28 27 22
a b
231
การประชุมวิชาการระดับชาติ มหาวิ ทยาลัยทักษิณ ครั้งที่ 22 ประจำปี 2555