full2012.pdf - page 229

ระหว่างเอนไซม์ฟูริ นกับ10 กรดอะมิโนที่เป็ น loop บริ เวณถูกย่อยของฮี แมกกลูติ นิน โดยวิธีการ docking ด้วยโปรแกรม
zdock ผลการ docking แสดงในรู ปที่ 2
¦¼ žš¸É 2 สารประกอบเชิงซ้อนของเอนไซม์ฟู ริ นกับ 10 กรดอะมิโนที่ เป็ น loop บริ เวณถู กย่อยของฮีแมกกลูตินิ น
FR-HPH5sq1 (RERRRKK R) (นํ้ าเงิน) ที่ได้จากการ docking โดยใช้โปรแกรม zdock เปรี ยบเทียบกับโครงสร้าง x-ray ของ
สารประกอบเชิงซ้อนของตัวยับยั้ง (inhibitor) ของฟูริ น (เหลือง)
‹Îµ¨°Š„µ¦šÎµŠµœ °ŠÁ°œÅŽ¤r ¢¼¦· œ-±¸Â¤„„¨¼˜·œ·œ—o ª¥ª·›¸¡¨ª´˜·Á·ŠÃ¤Á¨„»¨
เมื่อได้ โครงสร้างที่เสถียรของสารประกอบเชิ งซ้อนระหว่างเอนไซม์ ฟูริ นกับ และ ฮี แมกกลู ตินิ นทั้ งสี่สายพันธุ ์
(FR-HPH5sq1 FR-HPH5sq2 FR-HPH5sq3 และ FR-HPH5sq4) แล้ว ก็ทําการจําลองการทํางานของสารประกอบเชิงซ้อน
ดังกล่ าวด้วยวิ ธีพลวัติ เชิงโมเลกุลโดยใช้โปรแกรม AMBER 9 package เพื่ อให้ได้โครงสร้ างสมดุลของสารเชิงซ้ อนของ
ระบบ ทําการเติมโมเลกุลของไฮโดรเจนในเอนไซม์ เติมนํ้ าในลักษณะ cubic box เติมไอออนเพื่อปรับระบบให้ระบบเป็ น
ศูนย์ จากนั้นทําการ minization ระบบเพื่อปรับโครงสร้ างของไฮโดรเจน นํ้ า และ ไอออนที่เติมลงในระบบ สุ ดท้ายทําการ
จําลองการเคลื่อนที่ของทั้ งสี่ระบบ เป็ นเวลา 3 ns หรือ 3000 ps เริ่ มต้นโดยการให้ความร้อนกับระบบซึ่ งเดิม มีอุณหภู มิ 0 K
เป็ น 298 K ในช่ วงเวลา 0 – 200 ps โดยให้ปริ มาตรคงที่ จากนั้ นคํานวณไปถึง 3000 ps โดยกําหนดให้ความดันคงที่ และ
อุณหภู มิคงที่ ๆ 298 K เก็บ snapshot ทุก ๆ 0.2 ps และใช้ snapshot ในช่วง 750 ps – 3000 ps เก็บมาจํานวน 100 snapshots
เพื่อใช้ในการวิเคราะห์ ข้อมูล
Ÿ¨„µ¦ª·‹´ ¥Â¨³°£·ž¦µ¥Ÿ¨„µ¦ª· ‹´¥
ǦŠ¦o µŠÃ—¥¦ª¤ °ŠÁ°œÅŽ¤r¨³Ž´Á˜¦š
ก่อนที่จะทําการวิเคราะห์ ผลด้านต่างๆไม่ว่าจะเป็ น การเปลี่ยนแปลงทางโครงสร้าง พลังงานยึดจับอิสระ ผู ้ทําวิจัย
ได้เช็คโครงสร้างของทุกระบบว่าเข้าสู่ สมดุลหรือยัง โดยการพล็อตค่ า Root Mean Square Displacement (RMSD) ที่เวลา
ต่างๆดังรู ปที่3 จากการคํานวณพบว่าเมื่อจําลองระบบไปถึง 3 ns ทั้ งสี่ระบบเข้าสู่สมดุลแล้วโดยค่า RMSD เริ่ มคงที่ ตั้งเมื่ อ
คํานวณไปได้ 0.7 ns ดังนั้นในการคํานวณนี้ จึงใช้ snapshot ในช่วง 0.75 ns – 3.00 ns ในการวิเคราะห์ ข้อมูลเพื่อศึ กษา
ความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้าง พลวัติ และทํานายการยึดจับของเอนไซม์ฟูริ นกับฮีแมกกลูติ นิน
229
การประชุมวิชาการระดับชาติ มหาวิ ทยาลัยทักษิณ ครั้งที่ 22 ประจำปี 2555