full2012.pdf - page 228

โมไดนามิกส์ เช่ น พลังงานเสรีกิ บส์ เพื่ อทํานายการยึดจับของ ฮีแมกกลู ตินิ นทั้ งสี่ สายพันธ์ กับเอนไซม์ ฟูริ น ซึ่ งความรู้
พื้นฐานเหล่านี้ สามารถใช้เพื่อติดตามการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ อธิ บายการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้ นในระดับโมเลกุล และอาจจะ
เป็ นข้อมูลที่เป็ นประโยชน์ในทางการแพทย์ หรื อนําไปประยุกต์เพื่อใช้ในระดับอุตสาหกรรมเทคโนโลยีทางยาต่อไป
ª·›¸„µ¦ª·‹´¥
ǦŠ¦oµŠÁ¦·É ¤˜oœ °ŠŽ´Á˜¦š±¸Â¤„„¨¼˜·œ·œš´Ê Š¸É¦³
โครงสร้างสามมิ ติของโปรตีนก้อนเดียว (precursor) ของฮีแมกกลูติ นินสายพันธุ์ H5 โมเดลโดยใช้โครงสร้ าง
ต้นแบบ (template) ทั้งหมดสี่ ต้นแบบดังนี้ คื อ โครงสร้างของ H5 ที่ ได้จาก Protein Data Bank (PDB) code 2FK0 ซึ่ งมีกรดอะ
มิโนบริ เวณ cleavage site หายไปเก้ากรดอะมิโน โครงสร้ างตัวยับยั้ง dec-RVKR-cmk ที่เกิดสารประกอบเชิงซ้อนอยู่กับฟูริ น
(PDB code: 1P8J) โครงสร้าง precursor ของฮีแมกกลูติ นินสายพันธุ ์ H3 โดยเลือกเอาเฉพาะกรดอะมิโนลําดับที่ 324-327:
PEKQ ที่บริ เวณ cleavage site (PDB code: 1HA0) และโครงสร้ าง precursor ของฮีแมกกลูติ นินสายพันธุ์ H1 โดยเลื อกเอา
เฉพาะกรดอะมิโนลําดับที่ 324-327: PSIQ ที่บริ เวณ cleavage site (PDB code: 1RD8) จากนั้นทํา Align Multiple Sequences
Build Homology Models โดยใช้ module ของโปรแกรม the Discover Studio Program ก็จะได้ โครงสร้ างสามมิติ ของ H5
ตรวจสอบความถูกต้องของโครงสร้างที่ได้จากการโมเดลโดยการพล็อต Ramachandran (รูปที่ 1) เพื่อดู geometry
ของโปรตีน ซึ่ งผลที่ได้จาการพล็อตพบว่ามีบริ เวณ allowed region ประมาณ 95% และ มีบริ เวณ outside region ประมาณ 5%
โดยกรดอะมิโนที่อยู่บริ เวณ outside region ไม่ใช่กรดอะมิโนที่โมเดลขึ้ นมา ดังนั้นเมื่ อดูจากผลของ Ramachandran พล็อต
แสดงว่าโมเดลที่ได้มีความน่าเชื่อถือแล้ว จากนั้นทําการโมเดลอี กสามสายพันธุ ์ (HPH5sq2 (RER KRKKR), HPH5sq3
(REKRRKKR) and HPH5sq4 (RERRR_KR) ด้วยวิธีการเดียวกัน
¦¼ žš¸É 1 Ramachandran ของโครงสร้าง HPH5sq1 (RERRRKKR) โมเดล
µ¦ž¦³„°ÁŽ· ŠŽo °œ Á°œÅŽ¤r¢¼¦· œ-±¸Â¤„„¨¼˜·œ·œ
เมื่อได้โครงสร้างเริ่ มต้นของฮี แมกกลูตินินดังวิธีที่กล่าวมาแล้วข้างต้น จากนั้ นทําการเตรี ยมสารประกอบเชิงซ้อน
228
การประชุมวิชาการระดับชาติ มหาวิ ทยาลัยทักษิณ ครั้งที่ 22 ประจำปี 2555