1023
úąǰ1.5 đêøĊ
÷öĔîǰTAE bufferǰĔßš
ÖøąĒÿĕôôŜ
ćǰ100 ēüúêŤ
đðŨ
îđüúćǰ45 îćìĊ
ǰÝćÖîĆĚ
î÷š
Ăöéš
ü÷ǰSYBR green Ēúą
êøüÝÿĂïñúõć÷Ĕêš
ĒÿÜĂĆ
úêøćĕüēĂđúêǰ UV) ëŠ
ć÷õćóđóČę
ĂïĆ
îìċ
Öñú
Öćøüĉ
đÙøćąĀŤ
ðøąßćÖøĒïÙìĊ
đøĊ
÷ēé÷Ĕßš
ך
ĂöĎ
ú÷Ċ
îǰ S rRNAǰĒúąïøĉ
đüèǰV3
gDNAǰìĊę
ÿÖĆ
éĕéš
îĞ
ćĕðđóĉę
öðøĉ
öćè÷Ċ
îǰ S rRNAǰ×ĂÜĒïÙìĊ
đøĊ
÷éš
ü÷éš
ü÷üĉ
íĊ
ǰPCR ēé÷Ĕßš
ĕóøđöĂøŤ
27f:
(
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) ĒúąǰĕóøđöĂøŤ
ǰ
r (AAGGAGGTGATCCAGCC) ðøĉ
öćêøøüöìĆĚ
ÜĀöéǰ25 ĕöēÙøúĉ
êøǰ
ðøąÖĂïéš
ü÷ǰ2X PCRǰPremix Reactions (DreamTaq, wardmedic) ðøĉ
öćêøǰ12.5 ĕöēÙøúĉ
êø ĕóøđöĂøŤ
Ùüćö
đך
öך
îǰ25 ĕöēÙøēöúćøŤ
ǰðøĉ
öćêøǰ0.5 ĕöēÙøúĉ
êø îĚĞ
ćÖúĆę
îǰ10.5 ĕöēÙøúĉ
êø ĒúąǰDNA êš
îĒïï gDNA Ùüćöđך
öך
îǰ ǰ
ĕöēÙøÖøĆ
öêŠ
ĂĕöēÙøúĉ
êøǰðøĉ
öćêøǰ1 ĕöēÙøúĉ
êø ēé÷Ĕßš
Ăč
èĀõĎ
öĉ
ǰ95ǰĂÜýćđàúđàĊ
÷ÿǰđüúćǰ ǰîćìĊ
ǰĂč
èĀõĎ
öĉ
ǰ ǰĂÜýć
đàúđàĊ
÷ÿǰđüúćǰ ǰüĉ
îćìĊ
ǰĂč
èĀõĎ
öĉ
ǰ ǰĂÜýćđàúđàĊ
÷ÿǰđüúćǰ ǰüĉ
îćìĊ
ǰìĆĚ
ÜĀöéǰ30ǰøĂïǰĀúĆ
ÜÝćÖêøüÝÿĂïñúñúĉ
êǰPCR
Ēúš
üñúñúĉ
êǰPCR ëĎ
ÖîĞ
ćĕðìĞ
ćïøĉ
ÿč
ìíĉĝ
éš
ü÷ßč
éìĞ
ćïøĉ
ÿč
ìíĉĝ
ǰPureLink PRC product purification (Invitrogen, USA) êćö
üĉ
íĊ
ÖćøìĊę
ïøĉ
þĆ
ìĒîąîĞ
ćǰĒúš
üëĎ
ÖĔßš
đðŨ
îêš
îĒïï×ĂÜÖćøđóĉę
öðøĉ
öćèǰV3 variable region) ×ĂÜ÷Ċ
îǰ16S rRNA éš
ü÷ĕóø
đöĂøŤ
ǰ
f-GCǰ CCTACGGGAGGCAGCAG; GC-clamp: cgcccgccgcgcgcggcgggcggggcgggggcacggggg) Ēúąǰ
r
(ATTACCGCGGCTGCTGG)ǰàċę
ÜöĊ
ÿŠ
üîðøąÖĂï×ĂÜÖćøìĞ
ćǰPCR đĀöČ
ĂîÖĆ
ï×ĆĚ
îêĂîÖćøđóĉę
öðøĉ
öćè÷Ċ
îǰ16S rDNAǰĒêŠ
öĊ
Ăč
èĀõĎ
öĉ
ǰAnnealingǰìĊę
ǰ55 ĂÜýćđàúđàĊ
÷ÿǰđðŨ
îđüúćǰ30 üĉ
îćìĊ
ǰìĆĚ
ÜĀöéǰ30 øĂï
Öćøüĉ
đÙøćąĀŤ
ÙüćöĀúćÖĀúć÷×ĂÜêĞ
ćĒĀîŠ
ÜǰV3 ×ĂÜĒïÙìĊ
đøĊ
÷éš
ü÷üĉ
íĊ
ǰDGGE
ĀúĆ
ÜÝćÖîĆĚ
îñúñúĉ
êǰPCR ×ĂÜǰV3 üĉ
đÙøćąĀŤ
ÙüćöĒêÖêŠ
ćÜéš
ü÷üĉ
íĊ
DGGEǰïîÙüćöđך
öך
îøš
Ă÷úąǰ ǰ×ĂÜǰ
Polyacrylamideǰgel (Separating gel) ìĊę
öĊ
Ùüćöđך
öך
î×ĂÜêĆ
üìĞ
ćúć÷óĆ
îíą (Denaturant)ǰ40-60%ǰĔßš
ÖøąĒÿĕôôŜ
ćǰ
70ǰēüúêŤ
ǰîćîǰ16 ßĆę
üēöÜǰõć÷Ĕêš
Ăč
èĀõĎ
öĉ
ǰ60ǰĂÜýćđàúđàĊ
÷ÿǰ÷š
ĂöĒñŠ
îđÝúéš
ü÷ǰSyBr Green đúČ
ĂÖêĆ
éĒïîìĊę
ÿîĔÝĒߊ
Ĕîǰ
TE buffer ìĊę
Ăč
èĀõĎ
öĉ
ǰ4 ĂÜýćđàúđàĊ
÷ÿǰîćîǰ24 ßĆę
üēöÜǰĒúš
üĔßš
đðŨ
îêš
îĒïïÿĞ
ćĀøĆ
ïÖćøđóĉę
öðøĉ
öćèÿŠ
üîǰV3 ĂĊ
ÖÙøĆĚ
Üéš
ü÷
ĕóøđöĂøŤ
ǰ357f ìĊę
ĕöŠ
öĊ
ÿŠ
üîǰGC clamp Ēúąǰ518r îĞ
ćñúñúĉ
êǰPCR ÿŠ
ÜĀćúĞ
ćéĆ
ïđïÿǰ(Macrogen, Korea) đöČę
Ăĕéš
ך
ĂöĎ
ú
úĞ
ćéĆ
ïđïÿĒúš
üđðøĊ
÷ïđìĊ
÷ïÖĆ
ïåćîך
ĂöĎ
ú×ĂÜ÷Ċ
îǰ S rRNA ÝćÖåćîך
ĂöĎ
ú (GenBank) ēé÷ÖćøìĞ
ćǰBLAST đúČ
ĂÖĔßš
óćøćöĉ
đêĂøŤ
ìĊę
ēðøĒÖøöêĆĚ
ÜÙŠ
ćĔĀš
ǰ(default parameter)
